共同基金有許多優點，但也是伴隨著缺點。
選擇太多，難以選擇適合你的商品
共同基金的類別、數目一直持續的成長，而且速度十分驚人，這表示要從眾多的商品中挑選出適合自己的商品需要花費相當的時間、心力。
況且還要考量自身的投資目標、投資計劃，還有選擇到適合的商品，真的是一項挑戰。
就像是你現在想要投資台灣的共同基金，打開商品目錄，有各式各樣的投資標的、計價幣別，提供商品的公司也是琳瑯滿目，有時候真的會有選擇障礙，不知道怎麼挑選適合自己的商品，如果投資人不知道自己的投資目標盲目投資，那麼可能會有很多問題產生。
無法自行選擇買賣持股
如果自己選擇持有的股票，每一支股票的掌控權都是在投資人自己身上，投資人可以自行選擇什麼時候要買進、賣出，如果投資人要提高、降低持股比例，那麼他只要再可以交易的時間都可以進行。
甚至還可以透過預約交易的方式達到他的目的。
如果利用共同基金，那麼在投資人選擇特定投資目標的基金後，就只能依照經理人、或是基金預設的投資目標來投資，投資人不能夠選擇什麼時候要買進、賣出。
投資共同基金有成本
股票買賣時有交易手續費、投資共同基金時也是有交易手續費，雖然有時候券商、經紀商會提供免手續費交易，但大多時候投資股票只要負擔買賣的交易手續費。
而購買共同基金，除了交易手續費外，還有一些直接成本、與間接成本。
例如銷售手續費、管理費、經理人費用，還有些間接的成本，例如轉換持股的交易費用也會間接地由投資人負擔。
甚至有些銀行保管基金會收取保管費，基金公司針對管理的資產也會收取費用。
沒有顧問替你諮詢
共同基金消除客戶與顧問的關係，如果投資人偏好有顧問告訴他如何進行個別的投資，或是希望有個老師告訴你怎麼進出場，那麼透過共同基金可能就不能達到這些目的。