個人綜合所得稅與營利事業所得稅的完稅方式，考量納稅義務人課稅身分之不同，計有辦理結算申報與就源扣繳兩種。
納稅方式：
- 結算申報
- 就源扣繳
申報制
由納稅義務人自動申報並繳納。
結算申報：納稅義務人於規定之期限內，應將上一年度或一定期間內之所得，依稅法規定應申報之內容「填寫申報
書」向稽徵機關申報並繳納稅款。
所得稅分為「綜合所得稅」與「營利事業所得稅」兩種。
辦理方式
結算申報可由納稅義務人自行辦理，稱為自行申報。
也可委託他人代為辦理，或請具有稅務代理人資格之會計師查核簽證申報。
前者稱為代理（或代辦﹚申報，後者稱簽證申報。
扣繳制
先扣再給，預扣稅。
對象：以綜合所得稅為對象。
意義：所得發生時，責成所得之給付人於所得發生處所，將納稅義務人應納之所得稅預先扣下，於一定之期間向國庫繳交，並將扣繳稅款後剩餘所得付給所得人。
如果是常居在境內，或是在國內有固定營業場所，扣繳只是暫時納稅，之後結算申報時可以做為抵繳結算的應納稅額。
對於非境內居住的個人或是在境內沒有固定營業場所的營利事業，只有就源扣繳，又不須結算申報，所以就源扣繳是最後一個稅負手段。
依據：所得稅法§73
非中華民國境內居住之個人，及在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之營利事業，在中華民國境內有第八十八條規定之各項所得者，不適用第七十一條關於結算申報之規定，其應納所得稅應由扣繳義務人於給付時，依規定之扣繳率扣繳之；
如有非屬第八十八條規定扣繳範圍之所得，並於該年度所得稅申報期限開始前離境者，應離境前向該管稽徵機關辦理申報，依規定稅率納稅；
其於該年度所得稅申報期限內尚未離境者，應於申報期限內依有關規定申報納稅。
在中華民國境內無固定營業場所，而有營業代理人之營利事業，除依第二十五條及第二十六條規定計算所得額，並依規定扣繳所得稅款者外，其營利事業所得稅應由其營業代理人負責，依本法規定向該管稽徵機關申報納稅。
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