機關團體的員工
首先，機關團體的員工，如果依照政府規定標準支領加班費，可「免」納綜合所得稅。
比如警察的超勤加班費，就不用課徵綜合所得稅。
公私營事業員工
原則上，公私營事業員工每月 46 小時的限度內「免」綜合所得稅。
接著如果是公私營事業員工，依勞動基準法第 24 條和第 32 條規定的 46 小時限度內支領的加班費可免納綜合所得稅。
不分男工女工，雇主延長勞工之工作時間連同正常工作時間，一日不得超過 12 小時，延長工作時間，一個月不得超過 46 小時。
（符合勞動基準法第 32 條第 2 項但書及第 3 項規定者，雇主經過工會同意或是無公會但經過勞資會議同意後延長工時，每月不超過 54 小時，每 3 個月不超過 138 小時） 。
但加班費超過上開規定（原則46小時、例外54小時）標準者，超過部分要列入薪資所得，合併申報綜合所得稅。
假日加班費是否要課徵綜合所得稅？
國定假日、例假日、特別休假日加班費，只要也符合勞基法的標準，仍然免納綜合所得稅。
機關、團體、公私營事業員工為雇主的目的，在國定假日、例假日、特別休假日執行職務支領的加班費，金額如果符合前面規定標準範圍以內，免納所得稅，加班時數，可以不計入「每月平日延長之工作總時數」內計算。
例如一位員工如果在一個月內正常工作天中已加班 49 小時， 46 小時的部分依規定可以免稅，另外超過的3小時加班費則要併入薪資所得課稅。
如果在國定假日又加班了8小時，只要他所領的加班費符合勞基法的標準，這8小時的加班費仍然免稅。
津貼要申報所得稅嗎？
要。
如果是不管有沒有加班及加班時數多少，一律按月定額給付加班費，是屬於津貼的性質，不得適用免稅的規定。
Reference
你好，我是蔡至誠PG，任職於《阿爾發證券投顧》投資事業處，《我畢業五年，用ETF賺到400萬》作者，《提早五年退休：PG 財經個人財務調配術》講師。